У харчовій промисловості знаходять застосування різні мікроскопічні гриби: численні дріжджові культури, мають важливе значення для приготування оцту, алкоголю та різних спиртних напоїв: вина, горілки, пива, кумису, кефіру, а також в хлібопеченні. Цвілеві культури з давніх пір застосовуються для виготовлення сирів (рокфор, камамбер), а також деяких вин (херес).
З огляду на те, що в грибах великий зміст хітину, їх поживна цінність невелика, і вони важко засвоюються організмом. Однак харчова цінність грибів полягає не стільки в їх поживності, скільки у високих ароматичних і смакових якостях, тому їх застосовують для приправ, заправок, можуть бути сушені, солоні, мариновані гриби, а також гриби у вигляді порошків.